می دانید که توالى‌یابى اگزوم درعین توانایى بسیار بالا در شناسایى بسیارى از جهش هاى عامل بیماریهاى ژنتیکى، قادر به شناسایى تمام انواع تغییرات ژنتیکى نیست. آگاهى از این موارد براى ارائه دهندگان و دریافت کنندگان این خدمات ضروریست. یس امروز همانطورکه قبلا گفته بودیم قصد داریم تغییرات ژنتیکى که با اطمینان بالا توسط توالى‌یابى اگزوم قابل تشخیص نیستند را معرفى نماییم.
توالى‌یابى اگزوم، براى هدف قرار دادن اکزون‌ها و تعیین توالى آنها، نیاز به Sequence Enrichment (غنى سازى توالى) دارد. Genetic Alterations (تغییرات ژنتیکى) که توسط توالى‌یابى اکزوم با اطمینان بالا قابل تشخیص نیستند شامل:
– تغییرات ژنتیکى که اتصال پروب را در طول فرآیند غنى سازى مختل می‌کنند. بنابراین، آن اگزون توالى یابى نمی شود و در آنالیز گنجانده نمی شود.
– تغییرات ژنتیکى که در بیان ژن، بدون تغییر توالى DNA نقش دارند. به عنوان مثال، خطاهاى نقش گذارى یا همان Imprinting.
– تغییرات ژنتیکى که دریک ناحیه بسیار تکرارى از DNA که تعیین توالى آن دشوار است، قرار دارند. براى مثال جهش هاى deletion و insertion (کاهش یا افزایش) در توالى هاى تکرارى پشت سرهم.
– تغییرات ژنتیکى که شامل ژنى باشد که با سایر اعضاى خانواده ژنى (Gene family) یایک سودوژن (Pseudogene)، همولوگ (بسیارمشابه) است.
– تغییرات ژنتیکى که دریک ناحیه عمیق اینترونى (deep intronic mutations) قرار دارند.
– تغییرات ژنتیکى که به جاى DNAى هسته‌اى در DNAى میتوکندریایى (mtDNA)قرار دارد. دراین صورت کیت هایى که توالى DNAى میتوکندریایى را به همراه اگزوم توالى‌یابى نمى کنند، قادر به شناسایى این تغییرات نخواهند بود. معمولا از این کیت ها در مواقعى استفاده مى شود که پزشک مشکوک به بیمارى هاى میتوکندریایى است. (لازم به توضیح است که بیمارى هاى میتوکندریایى محدود به mtDNA نبوده و علت بسیارى از آنها ریشه در تغییرات ژنتیکى در ژنوم هسته‌اى دارد).
-اگر تغییرات ژنتیکى بصورت موزاییک (mosaic) باشند؛ یعنى تغییر ژنتیکى فقط در بخشى از سلول‌ها وجود داشته باشد. بنابراین، ممکن است هنگام بررسى کیفیت داده‌هاى حاصل از توالى‌یابى، از حد آستانه لازم عبور نکنند یا اساسا در سلول‌هایى که DNA از آنها استخراج شده است موجود نباشند.
-تغییرات ژنتیکى که نتیجه Copy Number Variations هستند. یعنى درج یا حذف هاى بزرگتر از ۵٠ جفت باز. اکرچه ممکن است CNVها در توالى اگزوم با مقایسه عمق خوانش واقعى با عمق خوانش مورد انتظار از طریق مقایسه هاى درون و بین نمونه‌اى شناسایى شوند، تغییرات در عمق خوانش (مثلا به دلیل محتواى گوانین-سیتوزین [GC] دریک منطقه) مى تواند منجر به نتایج مثبت کاذب شود.
– تغییرات ژنتیکى که نتیجه بازآرایى‌هاى ساختارى کروموزوم است (به عنوان مثال، وارونگى و جابه جایى ها). توجه داشته باشید که بازآرایى هاى کروموزوم ممکن است با استفاده از paired-end و mate-pair mapping براى شناسایى ناهماهنگى توالى‌ها با ژنوم مرجع شناسایی شوند.
شرکت پارالل ارائه دهنده خدمات تخصصى NGS بوده وآماده ارائه مشاوره هاى تخصصى وکمک در انتخاب درست تست هاى تشخیصى مناسب جهت شناسایی علت بیمارى هاى ژنتیکى و سرطان به پزشکان و همکاران محترم آزمایشگاه می باشد.
©کلیه حقوق مادی و معنوی برای این سایت محفوظ می باشد .طراحی و راه اندازی توسط تیم لایفو
خوش آمدید ، لطفاً به حساب خود وارد شوید
